دروازه اشتاینز روایتگر داستان یک دانشمند دیوانه به اسم «اوکابه رینتورو» است که با کمک دوستان نزدیکش، «ایتارو» و «مایوری» تصادفا به اختراع مهمی دست پیدا می کند و می تواند با انجام کارهایی، گذشته را تغییر دهد و اتفاقات تازه ای را رقم بزند. او از توانایی برای برملا کردن نقشه های پلید یک سازمان اهریمنی استفاده می کند اما ...